Eğitim hayatına İstanbul İktisadi Ticari İlimler Akademisi'nde başlayan Ayaydın, buradan mezun olduktan sonra Marmara Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsü'nde iktisat alanında yüksek lisans ve doktora yapmıştır. Akademik kariyerine Marmara Üniversitesi'nde devam eden Ayaydın, 1993 yılında ekonometri alanında profesör unvanını almıştır.

Profesyonel kariyeri boyunca birçok önemli görevde bulunan Ayaydın, Bankalar Birliği Başkanlığı, Emlakbank ve Vakıfbank Genel Müdürlüğü ve Yönetim Kurulu Başkanlığı, Şekerbank Genel Müdürlüğü gibi pozisyonlarda hizmet vermiştir. Aynı zamanda İş Bankası, Sınai Kalkınma Bankası ve Sınai Yatırım Bankası Yönetim Kurulu Üyeliği gibi görevlerde de bulunmuştur.

Siyasi kariyerine de önemli katkılarda bulunan Ayaydın, 1999-2002 yılları arasında ANAP'tan İstanbul milletvekilliği yapmış, 2011 genel seçimlerinde ise Cumhuriyet Halk Partisi'nden İstanbul milletvekili olarak seçilmiştir. Ayrıca, Eylül 1992'de dönemin Cumhurbaşkanı Turgut Özal tarafından YÖK üyeliğine atanan Ayaydın, 1995 yılında DYP'den milletvekili adayı olabilmek için bu görevinden istifa etmiştir.

Medya alanında da aktif olan Ayaydın, Takvim ve Sabah Gazetesi'nde köşe yazarlığı yapmış ve sarı basın kartına sahip olmuştur. 2011 seçimleri öncesine kadar Vatan Gazetesi'nde de köşe yazarlığı yapmıştır.

2024 yılı itibarıyla, Aydın Ayaydın, Adalet ve Kalkınma Partisi tarafından Muğla Belediye Başkan adayı olarak gösterilmiştir. Bu atama, Ayaydın'ın siyasi kariyerinde yeni bir dönemin başlangıcı olarak görülmektedir. Ayaydın, evli ve üç çocuk babasıdır.